Visando ampliar os benefícios à classe odontológica, com a melhoria do nível profissional dos cirurgiões-dentistas vinculados ao seu quadro associativo, além de prestar uma efetiva assistência dentária à população, no ano de 1995 foi fundada a Escola de Aperfeiçoamento Profissional. Sendo considerado de Utilidade Pública no Município da Serra pela Lei nº. 1968 de 10 de abril de 1997, possui na Rua Henrique Martins Rato, 40 – Bairro de Fátima – Serra/ES, um imóvel onde funciona a EAP.
Inicialmente a Escola era composta por 2 clínicas com 12 consultórios odontológicos cada, 2 salas para aulas teóricas, biblioteca com acervo específico para odontologia e sala de recepção para pacientes.
Atualmente a EAP é composta por 4 auditórios equipados com datashow, projetor de slide, retroprojetor, um laboratório para estudo, um laboratório para manipulação de gesso, uma central de esterilização, sala de expurgo e 4 clinicas sendo cada uma composta com 14 consultórios, uma sala de raio-x, sala de professores e todos os demais recursos necessários para o seu funcionamento.
Além disso a ABO-ES possui uma biblioteca com um acervo de xxxx livros e além de contar com a  rede wireless, visando no melhor aprendizado de seus associados e alunos.
Além dos cursos de especialização, a EAP oferece anualmente cursos de aperfeiçoamento e de atualização nas diversas áreas da Odontologia, com atividades ministradas pelo corpo docente da Escola e professores convidados, alguns egressos de outros Estados.